Fundada el 2 de febrero de 1879 con la denominación Collegium Cultorum Martyrum, por M. Armellini, A. Hytreck, O. Marucchi y E. Stevenson, insignes estudiosos de la antigüedad sagrada. Sucesivamente, por expresa voluntad de san Juan Pablo II fue elevada a Academia Pontificia y vinculada al Consejo Pontificio de la Cultura. La Academia tiene la finalidad de promover el culto de los Santos Mártires y de incrementar y profundizar la historia de los testigos de la fe y de los monumentos vinculados con ellos, desde los primeros siglos del cristianismo. Con este objetivo, convoca celebraciones en los antiguos cementerios cristianos y en otros lugares sagrados, con funciones religiosas y conferencias arqueológicas. La Academia tiene al menos dos Asambleas Generales cada año, en el Instituto Pontificio de Arquelogía Cristiana y en la Schola Collegii, su sede histórica, situada en el Colegio Teutónico en el Vaticano. La Academia Pontificia Cultorum Martyrum patrocina también, durante la Cuaresma, la celebración de la liturgia estacional, restablecida por Mons. Carlo Respighi, Magister de 1931 a 1947. El estatuto revisado fue aprobado en 1995. La Academia se compone de Sodales y Associati, hombres y mujeres. Los Sodales, al cumplir 80 años, se convierten en Emeriti. Los Sodales elevados a la dignidad episcopal o distinguidos con la Púrpura son nombrados Patroni. El cargo de Magister es de nombramiento pontificio ad quinquennium renovable. El Magister, de acuerdo con el Consejo Académico, puede confiar a la Academia otros centros en Santuarios Marianos. El Magister es miembro del Consejo de Coordinación de las Academias Pontificias.
